Quatre années se sont écoulés et via un message bizarre Snake et Otacon (son ami qui le soutient à distance par Codec) découvrirent un disque d'information sur un Metal Gear qui était gardé dans l'hangar du Metal Gear REX.
Snake ouvrit son Codec et appela Otacon.
Snake: " Otacon, ici Snake, je suis devant l'entrée du Hangar de Rex à Shadow Moses. Où est le disque?"
Otacon: "Snake, le disque d'information sur un nouveau Metal Gear est dans le Metal Gear REX, regarde dans le cockpit de cette "épave" si je puis dire, et reviens vite. Il semblerait que nous ne sommes pas les seuls à avoir ce disque."
Snake commença sans tarder sa mission, il devait prendre le tunnel par où il était sortie il y'a 4 ans, et se diriger vers le Metal Gear REX en ruines. Une fois avoir descendu , il remarqua des traces de pas récentes près du parking où il y'avait les jeeps, d'ailleurs il en restait une.
Snake était entré dans le hangar mais malheureusement, des silhouettes l'attaquèrent...